แมลงวัน มีความสำคัญทางการแพทย์ และสาธารณสุข เนื่องจากเป็นแมลงที่เป็นพาหะนำโรคติดต่อมาสู่มนุษย์ได้ โดยเชื้อโรคจะติดมากับลำตัว ปาก หรือขาของแมลงวัน หลังจากไต่ตอมสิ่งปฏิกูลต่างๆ แล้ว นำมาปนเปื้อนลงในอาหาร ทำให้ได้รับเชื้อเข้าสู่ร่างกาย จากการรับประทานอาหารที่ถูกแมลงวันตอม โรคที่มีแมลงวันเป็นพาหะ มีดังนี้
1.โรคที่เกิดจากแบคทีเรีย เช่น โรคบิด ไข้รากสาด ไข้ไทฟอยด์ พาราไทฟอยด์ อาหารเป็นพิษ
2. โรคที่เกิดจากโปรโตซัว เช่น บิดมีตัว โรคติดเชื้อในลำไส้
3. หนอนพยาธิ เช่น พยาธิเส้นด้าย พยาธิตัวกลม พยาธิปากขอ
4. ไวรัส เช่น โรคโปลิโอ โรคตับอักเสบ ตาแดง
5. โรคผิวหนังและแผลเรื้อรัง เช่น โรคคุดทะราด โรคเรื้อน
โดยวิธีสุขวิทยา และสุขาภิบาลสิ่งแวดล้อม เป็นวิธีการกำจัดแมลงวันที่มีประสิทธิภาพที่ดีที่สุด โดยการกำจัดและลดแหล่งเพาะพันธุ์ แหล่งเกาะพักอาศัย การขจัดแหล่งอาหาร ทำการปิดกั้น หรือสกัดกั้นไม่ให้แมลงวันเข้าถึงสถานที่ปรุงหรือผลิตอาหาร รวมทั้งการจัดการเรื่องการรักษาความสะอาด การจัดการสภาพแวดล้อม ความสะอาดของอาคารสถานที่ เพื่อไม่ให้มีกลิ่นอาหารที่เกิดจากหมักหมมบูดเน่า เป็นเหตุทำให้ดึงดูดแมลงวันเข้ามาในพื้นที่ได้
มีหลายวิธี ควรเลือกใช้วิธีที่เหมาะสม ทั้งการกำจัดตัวหนอน หรือตัวเต็มวัยโดยต้องคำนึงถึง ความปลอดภัยต่อมนุษย์ สัตว์เลี้ยงและสิ่งแวดล้อมเป็นสำคัญ สำหรับการใช้สารเคมีสามารถทำได้หลายวิธีด้วยกัน เช่น การฉีดพ่นบนพื้นผิว ฉีดพ่นบนแหล่งเกาะพัก การฉีดพ่นละอองฝอย(ULV) บริเวณแหล่งที่อยู่อาศัย แหล่งเกาะพัก หรือแหล่งเพาะพันธุ์